Sejarah GKMI ARK dimulai dari persekutuan doa di rumah jemaat di jalan Pulau Matahari A.4/15 yang dipimpin oleh Pdt. Yonathan Chandra pada tahun 2000. Berawal dari pelawatan jemaat, kerinduan untuk doa bersama, sampai ke perintisan sekolah minggu di basement rumah tersebut. Pelayanan sekolah minggu dimulai setiap hari Minggu pukul 16.00-17.00 WIB.
Berita baik akan karya Tuhan ini kemudian disampaikan kepada Majelis Jemaat GKMI Anugerah, dan kemudian ditetapkanlah tempat itu sebagai pos Pekabaran Injil GKMI Anugerah. MJ GKMI Anugerah kemudian menugaskan Pdt. Yonathan Chandra bersama keluarga untuk menjadi hamba Tuhan yang mendampingi pelayanan di pos PI tersebut, selain tetap melayani juga di Bidang Pembinaan, Komisi Pemuda, dan Paduan Suara GKMI Anugerah di Taman Tanah Abang.
Pelayanan anak-anak sekolah minggu ini menuai hasil yang menggembirakan. Jumlah anak-anak berkembang dari 20 anak hingga menjadi sekitar 80 anak. Anak-anak yang dilayani ini berasal dari sekitar perumahan Taman Permata Buana. Dalam perkembangannya, MJ GKMI Anugerah melihat prospek pelayanan anak-anak perlu ditingkatkan kepada pelayanan jemaat dewasa, apalagi banyak jemaat GKMI Anugerah yang tinggal di sekitar perumahan tersebut.
Kelompok Sel perdana pun dibuka di rumah pastori Pdt. Yonathan Chandra, diadakan setiap hari Rabu. Komsel berjalan dengan baik, hingga muncul gagasan agar Komsel ditingkatkan menjadi persekutuan tengah minggu, sehingga memberi peluang kepada jemaat untuk mengundang rekan, relasi, dan saudaranya untuk belajar Firman Tuhan. Persekutuan tengah minggu tersebut diberi nama Ibadah Pembinaan dan Penyegaran Iman, atau disingkat menjadi IPPI, dan diadakan di Pulau Matahari A4/15 Taman Permata Buana setiap Rabu malam.
Kegiatan IPPI bertambah rapi penataannya: ada pemusik tetap, pemimpin ibadah, dan juga mulai mengundang hamba-hamba Tuhan juga dari gereja lain. Rata-rata kehadiran IPPI bisa 30 jiwa. Tentu ini suatu jumlah yang sangat menggembirakan.
Setelah IPPI berjalan sekitar 18 bulan, mulai diusulkan agar diadakan ibadah umum hari Minggu. Kerinduan ini disampaikan kepada MJ GKMI Anugerah. MJ GKMI Anugerah yang melihat peluang pelayanan ini kemudian menugaskan Bidang III, yaitu bidang misi, untuk mendampingi proses pewujud-nyataan perintisan gereja ini dengan mengutus Pdt. Yonathan Chandra bersama jemaat-jemaat yang sudah terbentuk melalui IPPI untuk mengusahakan lokasi yang memungkinkan untuk dipakai menyelenggarakan Kebaktian Umum.
Melalui sebuah kebaktian yang bertepatan dengan HUT GKMI Anugerah TTA pada bulan Maret 2004, maka MJ GKMI Anugerah meresmikan usaha perluasan Injil di sekitar Taman Permata Buana dengan menugaskan Pdt. Yonathan Chandra untuk menggembalakan dan meminta kesediaan jemaat GKMI Anugerah yang berada di wilayah tersebut untuk mau mendukung perintisan tersebut. Pada hari itulah mulai terbentuk bakal pengurus GKMI Anugerah Rayon Kembangan.
Proses pencarian tempat ibadah mulai dilakukan. Tentulah tantangannya tidak ringan, mengingat harga tanah dan bangunan di wilayah Taman Permata Buana sudah mahal dan juga tidak mudah mendapatkan ijin mendirikan gereja. Kesulitan ini membuat bakal pengurus Rayon Kembangan mulai mengarahkan pandangannya ke luar wilayah Taman Permata Buana.
Survay lokasi dilakukan, namun belum ada yang dirasa cocok, hingga sekitar bulan April 2004, Pdt. Yonathan Chandra bertemu dengan pemilik Wisma Presisi, dan terjadilah kesepemahaman bahwa Wisma Presisi akan menyewakan salah satu ruangannya untuk digunakan sebagai tempat kebaktian. Berita ini disampaikan kepada bakal pengurus, dan mereka semua menerimanya dengan senang hati, mengingat peluang untuk mengadakan kebaktian Minggu sudah terbuka, dan ketika hal ini disampaikan kepada MJ GKMI Anugerah, mereka juga mendukungnya. Perjanjian sewa tempat di Wisma Presisi dilakukan bulan Juni 2004.
Persiapan dan pembenahan ruang berjalan kurang lebih satu bulan, dan tepat pada tanggal 8 Agustus 2004 pukul 08.00 WIB, Kebaktian Umum perdana GKMI Anugerah Rayon Kembangan dimulai. Firman Tuhan pada hari itu disampaikan oleh Pdt. Yonathan Chandra, dilanjutkan dengan pelantikan bakal pengurus sebagai Pengurus Rayon Kembangan. Kebaktian Perdana tersebut dihadiri oleh kira-kira 40 orang, yang sebagian juga merupakan wakil dari jemaat GKMI Anugerah. Puji Tuhan, di dalam Kebaktian Umum perdana itu, sudah hadir beberapa jemaat baru yang diajak oleh sebagian jemaat lama.
Minggu berikutnya, Kebaktian Umum diadakan kembali, dan kali ini jumlahnya menurun karena memang hanya mereka yang berada di wilayah Kembangan yang menghadirinya. Meski demikian, hal ini telah memberikan sukacita dan kepastian bahwa memang kehadiran GKMI Anugerah Rayon Kembangan di sekitar Kembangan sangat dinantikan.
Sejak adanya tempat permanen di Wisma Presisi lantai 2, kegiatan IPPI pun dipindahkan ke Wisma Presisi, sementara kegiatan sekolah minggu tetap diadakan di tempat semula. Hari demi hari, kuasa Tuhan dinyatakan, sehingga jumlah kehadiran Kebaktian Umum bertambah. Tuhan juga membuka pintu untuk dimulainya pelayanan sekolah minggu bagi anak-anak yang biasanya diajak oleh jemaat, sehingga pada saat itu, GKMI Anugerah Rayon Kembangan memiliki dua pelayanan Sekolah Mingu, yaitu kebaktian Sekolah Minggu pagi di Wisma Presisi dan kebaktian Sekolah Minggu sore di Permata Buana.
Pelayanan terus berkembang, dan mulai dirasakan kebutuhan untuk melayani anak-anak Sekolah Mingguyang sudah beranjak remaja, sehingga dibentuklah wadah khusus untuk melayani mereka yang diberi nama Dynamic Youth Fellowship (DYF). Kegiatan DYF diadakan setiap Sabtu sore. Pertumbuhan yang konsisten tersebut menumbuhkan kerinduan dan visi dalam diri Pengurus dan Hamba Tuhan untuk mencari tempat yang lebih luas, sehingga sejak Agustus 2006, seluruh kegiatan GKMI Anugerah Rayon Kembangan dipindahkan ke lantai 5. Dan atas kebaikan pemilik Wisma Presisi, maka sejak tahun 2007, pelayanan SM pagi diadakan di lantai 9.
Sejak hari berdirinya, GKMI Anugerah Rayon Kembangan telah melaksanakan semua pelayanan sebagaimana seharusnya dilakukan sebuah gereja dewasa. Hari-hari raya Kristen senantiasa dilaksanakan dengan semarak dan GKMI ARK telah memiliki tata pengelolaan yang baik dengan hadirnya pendeta, penginjil, susunan pengurus yang utuh, sekretaris administrasi, dan koster.
Meski telah memiliki tempat ibadah yang tetap, hamba Tuhan, pengurus, dan jemaat GKMI ARK terus bergumul supaya Tuhan memberikan sebuah gedung gereja yang benar-benar dimiliki sendiri. Tim Pengadaan Rumah Allah (PRA) pun dibentuk, dengan misi utama mencari lokasi yang tepat bagi GKMI ARK untuk benar-benar menetap. Lantai 5 Wisma Presisi menjadi salah satu lokasi yang didoakan supaya bisa dibeli sehingga tak perlu berpindah tempat lagi. Singkat cerita, Tuhan menunjukkan sebuah lokasi yang cukup strategis, masih dapat dijangkau oleh jemaat, dan masih berada di wilayah Kembangan, yakni empat blok ruko di Puri Sentra Niaga, yang memang oleh pemilik hendak dijual ke gereja, bukan pribadi atau perusahaan. Oleh kemurahan Tuhan, akhirnya GKMI ARK mendapatkan lokasi beribadah yang tak lagi menyewa dan dapat direnovasi sesuai dengan kebutuhan ibadah serta pelayanan.
Saat ini, GKMI ARK digembalakan oleh Pdt. Timotius Adhi Dharma dengan kehadiran ibadah GKMI ARK adalah sekitar 100 jiwa setiap minggunya. Adapun Pdt. Yonathan Chandra telah memenuhi panggilan Tuhan untuk menggembalakan jemaat di Australia. Pelayanan GKMI ARK juga berkembang, salah satunya adalah pelayanan ARK Family Center yang dipimpin oleh istri Pdt. Timotius Adhi Dharma, ibu Ani Widjaja, M.Si.
Satu pelayanan lain yang mendekatkan GKMI ARK dengan masyarakat sebagai perwujudan diakonia adalah ARK Care Ministry (ACM), yang digawangi oleh Pdm. Risma Lumalessil. Melalui ACM, keluarga ARK khususnya kaum muda belajar untuk menyalurkan berkat Tuhan kepada mereka yang memerlukan, merawat dan mengasihi lingkungan, serta meningkatkan kepedulian sosial.
Demikian sekilas sejarah perjalanan GKMI ARK, yang makin meneguhkan firman Tuhan di dalam Filipi 1:6,
“Akan hal ini aku yakin sepenuhnya, yaitu Ia, yang memulai pekerjaan yang baik di antara kamu, akan meneruskannya sampai pada akhirnya pada hari Kristus Yesus.”